Browsing by Author "Cilo, Burcu Dalyan"

Now showing 1 - 17 of 17

Candida izolatlarının antifungal duyarlılığının belirlenmesinde klinik laboratuvar standartları enstitüsü (CLSI) ve avrupa antimikrobiyal duyarlılık testleri komitesi (EUCAST) sıvı mikrodilüsyon yöntemlerinin karşılaştırılması
(Hacettepe Üniversitesi Ankara Mikrobiyoloji Derneği, 2017-11-08) Cilo, Burcu Dalyan; Topaç, Tuncay; Ağca, Harun; Sağlam, Sezcan; Efe, Kadir; Ener, Beyza; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı.; 0000-0002-4803-8206; 0000-0002-2651-2034; AAH-4027-2021; IVV-5845-2023; AAG-8523-2021; GQA-6410-2022; 56364338600; 57196258802; 15759379900; 56783920000; 56490687400; 15053025300
Candida türleri yüksek mortalite ve morbiditeyle ilişkili kan dolaşımı enfeksiyonlarına sebep olan ilk 10 etken arasındadır. Birçok yeni antifungal ilacın geliştirilmesine rağmen epidemiyolojik çalışmalar Candida izolatlarındaki antifungal direncin ciddi bir problem haline gelmeye başladığını göstermiştir. Antifungal duyarlılığı ölçmek için iki standart yöntem vardır ve bu çalışmada kandan elde edilen Candida izolatlarının amfoterisin B, flukonazol, itrakonazol, vorikonazol, posakonazol ve anidulofungin duyarlılığını belirlemek için “Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI)” ve “European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST)” sıvı mikrodilüsyon yöntemlerinin karşılaştırılması amaçlanmıştır. Çalışmada 74 Candida albicans, 67 Candida parapsilosis, 30 Candida glabrata ve 18 Candida tropicalis izolatı kullanılmıştır. Anidulofungin hariç, minimum inhibitör konsantrasyon değerleri, CLSI yönteminde 24 ve 48 saat inkübasyondan sonra, EUCAST yönteminde sadece 24 saat inkübasyondan sonra belirlenmiştir. Her iki yöntemle elde edilen MİK değerleri ± 2 dilüsyon sınırları içerisinde ise uyumlu olarak kabul edilmiştir. Her antifungal için yöntemler arasındaki kategori uyumunda klinik sınır değerler ve epidemiyolojik eşik değerlerden yararlanılmıştır. Yöntemler arasındaki uyum (± 2 dilüsyonda) tür, ilaç ve inkübasyon zamanına bağımlı olarak bulunmuştur. Yirmi dört saat inkübasyon sonunda amfoterisin B, itrakonazol, posakonazol ve anidulofunginde iyi (> %90) kategorisinde uyum bulunurken, flukonazol ve vorikonazolde, özellikle nispeten daha yavaş üreyen C.glabrata ve C.parapsilosis izolatlarında daha düşük kategorisinde uyum (< %85) bulunmuştur. Mükemmel kategori uyumu (%100) amfoterisin B/C. parapsilosis, C.glabrata, C.tropicalis ve andilofungin/C.albicans, C.glabrata, C.tropicalis ile görülürken en kötü uyum, posakonazol ve C.albicans (24 saate %71.6; 48 saatte %73) arasında saptanmıştır. Tedavide sık kullanılan ilaçlar olan flukonazol ve anidulafungine her iki yöntemle tespit edilen direnç C.albicans (sırasıyla %1.3; %2.7), C.glabrata (sırasıyla 0%, %3.3) ve C.tropicalis’de (sırasıyla 0%, %5.6), in vitro azalmış duyarlılık C.parapsilosis ve flukonazolde (24 saatte %11.9; 48 saatte %17.9) görülmüştür. Flukonazol ve vorikonazol arasında çapraz direnç üç C.parapsilosis izolatında saptanmış ve bir C.albicans izolatında ise çok ilaca direnç (flukonazol, itrakonazol, posakonazol ve anidulafungin) tespit edilmiştir. Çalışma sonucunda, her iki yöntemin benzer olduğu ve laboratuvarların tercihine göre kullanılabileceği gözlenmiştir. CLSI antifungal duyarlılık sonuçlarının 24 saat inkübasyon sonunda değerlendirilebileceğinin ancak bazen, C.glabrata gibi yavaş üreyen türlerde 48 saat inkübasyon sonucunda değerlendirme yapılması gerektiğinin önemli olduğu saptanmıştır.
Comparison of clinical laboratory standards institute (CLSI) microdilution method and vitek 2 automated antifungal susceptibility system for the determination of antifungal susceptibility of candida species
(Springernature, 2021-12-06) Cilo, Burcu Dalyan; Ener, Beyza; ENER, BEYZA; Bursa Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/ Mikrobiyoloji Anabilim Dalı; 0000-0002-4803-8206; AAG-8523-2021
IntroductionChanges in the epidemiology of Candida infections, increasing resistance, and advances in treatment have increased the need to perform antifungal susceptibility testing in clinical laboratories. Standardized reference, the microbroth dilution method, and various commercial antifungal susceptibility test systems are used to determine antifungal susceptibility. This study aims to determine and compare the antifungal susceptibility of various Candida species isolated from blood cultures in our laboratory with the CLSI M27 microdilution reference method and VITEK 2 automated system (bioMerieux, Marcy-l'Etoile, France).MethodsThe antifungal susceptibility of a total of 140 Candida strains to fluconazole, voriconazole, and amphotericin B, and a total of 92 strains to anidulafungin was tested with the CLSI M27 method and the VITEK 2 automated system. For fluconazole, voriconazole, and amphotericin B, essential and categorical agreement percentages were calculated between the two methods. Because there is no anidulafungin in the VITEK 2 system, anidulafungin results obtained with CLSI were compared with micafungin only in terms of categorical agreement. In the category comparison, CLSI clinical breakpoints were used; the epidemiological cut-off values were used when they were not available. Very major error, major error, and minor error rates were calculated.ResultsIn general, the minimum inhibitory concentration (MIC) values obtained with VITEK 2 for azole group drugs were found to be one-fold higher than the CLSI MICs read at the 24th hour. While the essential agreement between the two methods was >90% for amphotericin B and voriconazole, it remained at 85% for fluconazole. Overall, the best categorical agreement was obtained with amphotericin B (99.3%), and the least categorical agreement was obtained with voriconazole (85.7%). A very major error was seen with amphotericin B (0.7%) and fluconazole (0.7%) in one C. parapsilosis strain each. No resistance was detected with VITEK 2 in one C. glabrata strain found to be resistant to fluconazole by the reference method. Major and minor error rates were higher for azole drugs than amphotericin B and anidulafungin/micafungin.ConclusionThe VITEK 2 system is a fast and highly applicable system, and with these features, it is advantageous for routine laboratories. In this study, although the error rate was not very high, one fluconazole-resistant C. parapsilosis and C. glabrata strain could not be detected with VITEK 2. The increase in data on the antifungal performance of the VITEK 2 system, which is available in many routine laboratories due to its ability to be used for bacteria identification and sensitivity, will contribute to the usability of the system for this purpose. In this study, data that will support the literature information in terms of the antifungal performance of the VITEK 2 system are presented.
Conventional culture and molecular screening methods for detection of vancomycin-resistant enterococci activity
(Carbone Editore, 2016-01-01) Karakecili, Faruk; Cilo, Burcu Dalyan; Akın, Hicran; Ağca, Harun; Sınırtaş, Melda; Özakın, Cüneyt; Yılmaz, Emel; Akalın, Halis; Cilo, Burcu Dalyan; Akın, Hicran; AĞCA, HARUN; Sınırtaş, Melda; ÖZAKIN, CÜNEYT; YILMAZ, EMEL; AKALIN, EMİN HALİS; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Microbiooji Bölümü; 0000-0002-7368-7187; 0000-0002-2651-2034; 0000-0002-3894-1231; 0000-0001-7530-1279; IVV-5845-2023; AAH-4027-2021; AAU-8952-2020; AAG-8392-2021; ISU-9626-2023
Introduction: Early identification of vancomycin-resistant enterococci (VRE) colonization by screening patients is necessary in tends of preventing spread and development of infection. The purpose of this study was to investigate the presence of VRE using and real time polymerase chain reaction (RT-PCR) and to compare the results and costs.Materials and methods: Patients in the risk group attending our hospital and planned for treatment with hospitalization were included. Two rectal swab specimens were taken. One swab specimen was inoculated into enterococci broth for CCSM. Resistant gene investigation was performed with the other specimen by using RT-PCR. The costs of the two methods were then compared.Results: VRE were detected in 75 (6.63%) of the 1130 patients screened using the two methods. Resistance gene was determined in 69 (6.1%) patients using RT-PCR and 32 (2.8%) with CCSM. RT-PCR results were negative in 6 patients with VRE growth determined using CCSM. VRE was detected with CCSM in all 26 patients in whom vanA genotype VRE were determined using RT-PCR, but no growth was determined with CCSM in any of the 43 patients in whom vanB genotype VRE were detected. Results obtained in 3 days using CCSM and within 4 hours using RT-PCR. Costs were 58 $ with CCSM and 46 $ with RT-PCR.Conclusion: VRE colonization being detected faster with RT-PCR than CCSM. When the costs in isolation of patients until VRE screening test results emerged were compared, VRE screening with RT-PCR was cost-effective. RT-PCR was markedly superior to CCSM in determining VanB type resistance. Due to the late results from CCSM and its failure to detect VanB type resistance, we think that RT-PCR can be an alternative to CCSM or that the two techniques can usefully be combined depending on the hospital conditions.
Development of a real-time polymerase chain reaction method for the identification of Candida species
(Ankara Microbiology, 2015-01-01) Ağca, Harun; Cilo, Burcu Dalyan; Özmerdiven, Gülşah Ece; Sağlam, Sezcan; Ener, Beyza; AĞCA, HARUN; Cilo, Burcu Dalyan; Özmerdiven, Gülşah Ece; Sağlam, Sezcan; ENER, BEYZA; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı.; 0000-0002-2651-2034; AAG-8523-2021; AAH-4027-2021; IVV-5845-2023; ISU-9626-2023; KLD-2582-2024
Candida species are one of the major causes of nosocomial infections and are the fourth most common agent involved in bloodstream infections. The impact of non-albicans Candida species is increasing, however C.albicans is still the most common species. Since the antifungal susceptibility pattern among Candida spp. may be different, rapid diagnosis and identification of non-albicans Candida spp. are important for the determination of antifungal agents that will be used for treatment. The aim of the study was to describe a real-time polymerase chain reaction (Rt-PCR) assay that rapidly detects, identifies and quantitates Candida species from blood culture samples. A total of 50 consecutive positive blood culture bottles (BACTEC, Beckton Dickinson, USA) identified at our laboratory between June-November 2013, were included in the study. Reference strains of Candida spp. (C.albicans ATCC 10231, C.glabrata ATCC 90030, C.tropicalis ATCC 1021, C.krusei ATCC 6258, C.parapsilosis ATCC 22019 and C. dubliniensis CD36) grown on Sabouraud dextrose agar were used for quality control. BACTEC bottles that were positive for Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa and Staphylococcus aureus were also studied to search the cross-reactivity. A commercial kit (Zymo Research, USA) was used for DNA extraction. Real-time PCR was performed on LightCycler 480 (Roche, Germany) with primers and probes specific for 18S rRNA of Candida species. Twenty microlitres of the reaction mix contained 2 mu l of extracted DNA, 2 mu l of LightCycler Fast Start DNA Master Probe (Roche Diagnostics, Germany), 2 mu l of MgCl2 (5 mmol), 2 mu l of 10x PCR buffer (Roche Diagnostics, Germany), 0.5 mu l of each primer (0.01 nmol/mu l) and 1 mu l of each probe (0.1 mu mol/mu l) (TibMolBiol, Germany). Amplification was performed using the following conditions; 95 degrees C for 10 mins and 50 cycles of denaturation at 95 degrees C for 10 secs, annealing at 62 degrees C for 10 secs and polymerisation at 72 degrees C for 20 secs. A melting curve was created by cooling the producs at 50 degrees C for 30 secs and then heating to 80 C at a rate of 0.1 degrees C/sec measuring of the fluorescence simultaneously. For the quantitation of fungal DNA according to the standard curve, serial dilutions of C.albicans ATCC 10231 DNA from 3 x 10(5) to 3 x 10(2) ng/mu l were used. All of the strains were also identified by conventional methods and sequence analysis in order to compare the results obtained by Rt-PCR. In our study, all patient and standard samples could be amplified, identified and quantitated by this developed Rt-PCR method. A total of 50 strains, of them 26 were C.parapsilosis, 15 were C.glabrata, 6 were C.albicans, and 3 were C.tropicalis have been detected and identified among patient samples. The results were completely concordant with the sequencing and conventional methods, so the sensitivity and specificity of this method were estimated as 100 percent. In conclusion, it was novel Rt-PCR developed and evaluated in this study is considered as a rapid, accurate, reproducible, sensitive and specific method for the detection, identification and quantitation of commonly observed Candida spp. strains.
Emergence of fusarioses in a university hospital in Turkey during a 20-year period
(Springer, 2015-08) Al-Hatmi, Abdullah M.S.; Seyedmousavi, Seyedmojtaba; Rijs, Antonius J.M.M.; Verweij, Paul E.; De Hoog, Gerrit Sybren; Van Diepeningen, Anne D.; Cilo, Burcu Dalyan; Ener, Beyza; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı.; 0000-0002-4803-8206; AAG-8523-2021; 36620979500; 15053025300
Fusarium species have started appearing increasingly as the main cause of infections, particularly in immunocompromised patients. In this study, we aimed to present the first epidemiological data from Turkey, analyze fusariosis cases that have been monitored in a university hospital during the past 20 years, identify the responsible Fusarium species, and determine antifungal susceptibilities. A total of 47 cases of fusariosis was included in the study. Fusarium isolates were identified by multilocus sequence typing (MLST). Antifungal susceptibility was tested by the broth microdilution method according to the Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) methodology. Of the Fusarium infections, 23.4 % were superficial, 44.7 % were locally invasive, and 31.9 % were disseminated. A significant increase was observed over the years. The Fusarium fujikuroi species complex (FFSC) proved to be the most frequent agent group (17 cases; 51.5 %), followed by the Fusarium solani species complex (FSSC) (14 cases; 42.4 %), the Fusarium dimerum species complex (FDSC), and the Fusarium oxysporum species complexes (FOSC) (one case each). Amphotericin B had the highest in vitro activity against all species. Voriconazole and posaconazole showed interspecies variability across and within Fusarium species complexes. In conclusion, our data support the fact that regional differences exist in the distribution of the Fusarium species and that species-specific differences are observed in antifungal susceptibility patterns. The monitoring of local epidemiological data by determining fungal identity and susceptibility are of importance in guiding the clinical follow-up of patients.
Fatal disseminated infection with fusarium petroliphilum
(Springer, 2015-02) Al-Hatmi, Abdullah S. M.; Curfs-Breuker, Ilse; Meis, Jacques F.; Ersal, Tuba; Cilo, Burcu Dalyan; Özkalemkaş, Fahir; Ener, Beyza; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/İç Hastalıkları Anabilim Dalı.; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı.; 0000-0001-5419-3221; 0000-0002-4803-8206; AAJ-4354-2021; IVV-5845-2023; AAG-8495-2021; AAG-8523-2021; 56061031700; 36620979500; 6601912387; 15053025300
Members of the Fusarium solani species complex (FSSC) are causing the majority of the fusariosis in humans. Disseminated fusariosis has a high mortality and is predominantly observed in patients with leukemia. Here, we present the case of a fatal infection by a Fusarium strain with a degenerated phenotype, in a patient with acute lymphatic leukemia. Multiple nasal and skin biopsies as well as blood cultures yielded fungal growth, while in direct and histopathological examination of biopsy material septate hyphae were visible. Initial colonies were white with slimy masses with microconidia reminiscent of Fusarium/Acremonium, but with conidiospore production directly on the hyphae. Multi-locus sequence typing discerned a pionnotal-morphologically degenerated-colony of the recently recognized F. petroliphilum as etiological agent. The culture returned to a typical F. solani species complex morphology only after several weeks of growth in culture. Antifungal susceptibility tests indicate amphotericin B as best drug for this FSSC member rather than any of the azoles or echinocandins.
First determination of azole resistance in Aspergillus fumigatus strains carrying the TR34/L98H mutations in Turkey
(Elsevier, 2015-08) Özmerdiven, Gülşah Ece; Ak, Seçil; Ener, Beyza; Ağca, Harun; Cilo, Burcu Dalyan; Tunca, Berrin; Akalın, Halis; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı.; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Tıbbi Biyoloji Anabilim Dalı.; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Klinik Mikrobiyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları Anabilim Dalı.; 0000-0002-4803-8206; 000-0002-1619-6680; 0000-0002-2651-2034; AAH-4027-2021; AAU-8952-2020; AAG-8523-2021; ABI-6078-2020; 56364250700; 55253485700; 15053025300; 15759379900; 56364338600; 6602965754; 57207553671
Aspergillus fumigatus is the most important etiological agent of invasive aspergillosis. Recently, an increasing number of azole-resistant A. fumigatus isolates have been described in various countries. The prevalence of azole resistance was investigated in this study using our culture collection of A. fumigatus isolates collected between 1999 and 2012 from clinical specimens. Seven hundred and forty-six A. fumigatus isolates, collected from 419 patients, were investigated. First, all isolates were screened for resistance to itraconazole by subculturing on Sabouraud dextrose agar that contained 4 mg/L itraconazole. For isolates that grew on the itraconazole containing agar, the in vitro activities of amphotericin B, itraconazole, voriconazole and posaconazole were determined using the Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) M38-A reference method. After PCR amplification, the full sequence of the cyp51A gene and its promoter region was determined for all in vitro azole-resistant isolates. Itraconazole resistance was found in 10.2% of the A. fumigatus isolates. From 2000 onwards, patients were observed annually with an itraconazole-resistant isolate. According to in vitro susceptibility tests, amphotericin B exhibited good activity against all isolates whereas the azoles were resistant. Sequence analysis of the promoter region and CYP51A gene indicated the presence of TR34/L98H in 86.8% (n - 66) of isolates. This initial analysis of the resistance mechanism of A. fumigatus from Turkey revealed a common TR34/L98H mutation in the cyp51A gene.
İmmünsüprese bir hastada salmonella enteritidis’in etken olduğu gluteal apse
(Uludağ Üniversitesi, 2014-07-22) Özvatan, Tülay Şener; Ceylan, Serkan; Kırdak, Türkay; Kazak, Esra; Cilo, Burcu Dalyan; Yılmaz, Emel; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Genel Cerrahi Anabilim Dalı.; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim dalı.; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Mikrobiyoloji Anabilim Dalı.
In this study it was aimed to investigate interrelationships between complaints, diagnoses, and psychotropic drug usage of children and adolescents applied to a child and adolescent psychiatric outpatient clinic. Medical files of the patients who had been examined for the first time between July 2012, and December 2012 in Outpatient Clinics of Child and Adolescent Psychiatry of Uludag University Hospitals of Medical Faculty were evaluated. The total number of cases evaluated was 953, the age range was 1-17 and the mean age was 9, 5 ± 4, 6. The most frequently encountered presenting complaints were determined as naughtiness, and disobedience (188-19.7 %) and the most frequently detected diagnoses were attention deficit hyperactivity disorder (ADHD) (180-18.8%). Mostly selective serotonin reuptake inhibitors 208 (21.8 %), atypical antipsychotic 143 (14.8%), and psycho stimulants 79 (8.3 %) were recommended in decreasing order of frequency. Recognition of frequently detected complaints, and diagnoses, determination of differences in diagnoses according to gender, and age groups of patients, evaluation of the drugs used, and their relationship with relevant diagnoses will contribute favourably to the improvement and standardization of health care services provided in the outpatient clinics of child and adolescent psychiatry and identifying areas of sociodemographic characteristics.Salmonelloz dünyada yaygın olarak görülen bir halk sağlığı sorunudur. Çok sayıda türü olan Salmonella, farklı klinik tablolara sebep olmaktadır. Ülkemizde zaman zaman küçük çaplı salgınlara yol açması ve bazı bölgelerde hala endemik olması etkene yönelik gıda endüstrisi ve hayvancılıkta çeşitli önlemlerin alınmasına sebep olmaktadır. Son yıllarda tüm ülkelerde nontifoidal salmonelloz olguları artmaktadır. Bu olguların çoğunda kendi kendini sınırlayan enfeksiyonlara sebep olurken immünsüprese hastalarda önemli morbidite ve mortaliteye yol açan değişik yer ve lokalizasyonlarda enfeksiyonlara neden olur. Sunulan hasta uzun süre immünsüpresif tedavi aldıktan sonra yaptırdığı intramusküler (İM) enjeksiyon bölgesinde apse gelişmesi nedeniyle merkezimize başvurmuştur. Gluteal apse materyalinde Salmonella Enteritidis üremesi oldu. Olgu farklı bulaş yolu olması nedeniyle ve nontifoidal salmonellozun etiyoloji ile klinik önemini tartışmak üzere sunuldu.
Invasive fusariosis in patients with hematologic malignancies at a university hospital
(Amer Soc Hematology, 2015-12-03) Özkocaman, Vildan; Özkalemkaş, Fahir; Cilo, Burcu Dalyan; Alp, Tuğcan; Ersal, Tuba; Gözden, Erdem; Yeğen, Zafer Serenli; Rıdvan, Ali; Ener, Beyza; ÖZKOCAMAN, VİLDAN; ÖZKALEMKAŞ, FAHİR; Cilo, Burcu Dalyan; Alp, Tuğcan; ERSAL, TUBA; Gözden, Erdem; Yeğen, Zafer Serenli; ALİ, RIDVAN; ENER, BEYZA; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/İç Hastalıkları Anabilim Dalı.; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı.; 0000-0002-1361-6213; 0000-0002-4803-8206; AAJ-4354-2021; AAG-8523-2021; AAI-5246-2020; AAG-8495-2021; IVV-5845-2023; AAH-1854-2021; HMD-4249-2023; EWL-5375-2022; EFO-5712-2022; DMU-2091-2022
Investigation of methicillin resistant Staphylococcus aureus in neonatal intensive care unit
(E-Century Publishing Corp, 2014) Aǧca, Harun; Topaç, Tuncay; Özmerdiven, Gülşah Ece; Çelebi, Solmaz; Köksal, Nilgün; Hacımustafaoğlu, Mustafa Kemal; Cilo, Burcu Dalyan; Sınırtaş, Melda; Özakın, Cüneyt; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı.; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Çocuk Enfeksiyon Hastalıkları Anabilim Dalı.; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Anabilim Dalı.; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Yenidoğan Anabilim Dalı.; 0000-0001-5428-3630; 0000-0002-2651-2034; AAG-8392-2021; GQA-6410-2022; AAH-4027-2021; 15759379900; 57196258802; 56364250700; 7006095295; 7003323615; 6602154166; 56364338600; 6505818048; 57200678942
Methicillin resistant Staphylococcus aureus (MRSA) strains lead to severe infections in immunosupressive patients, geriatric population and premature infants. 27 MRSA strains isolated in the Neonatal Intensive Care Unit was considered as an outbreak and it was aimed to investigate the genetic and epidemiologic relation of the MRSA outbreak. MecA gene was investigated in the S. aureus strains and pulsed field gel electrophoresis (PFGE) was used to investigate the genetic relation between outbreak strains. MecA gene was showed in all isolates. PFGE revealed that there were two different strains and most of the isolates (25/27) were owing to same clone. One of the samples were found closely related with the common strain and the other sample was found genetically unrelated. To terminate the outbreak; liquid baby food was gained to the baby food kitchen, no more new patient was imported to the neonatal unit and none of the patients were exported from neonatal unit to other clinics during outbreak, education about infection control precautions was given to all the staff and nursing bottle dishwasher was obtained. To manage and terminate the outbreak, besides the infection control precautions, tests to determine the genetic relation between outbreak strains which are done in the microbiology laboratory are needed. Molecular analysis of outbreak strains will contribute to prove the epidemiologic and evolution of outbreaks.
Investigation of vancomycin resistant Enterococcus faecium outbreak in neonatal intensive care unit
(E-century Publishing Corp, 2014) Cilo, Burcu Dalyan; Aǧca, Harun; Efe, Kadir; Sınırtaş, Melda; Çelebi, Solmaz; Özkan, Hilal; Köksal, Nilgün; Hacımustafaoğlu, Mustafa Kemal; Özakın, Cüneyt; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı.; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Çocuk Enfeksiyon Hastalıkları Anabilim Dalı.; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Anabilim Dalı.; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Neonatoloji Anabilim Dalı.; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Pediatri Anabilim Dalı.; 0000-0001-5428-3630; 0000-0002-2651-2034; AAH-4027-2021; AAG-8392-2021; 56364338600; 15759379900; 56490687400; 6505818048; 7006095295; 16679325400; 7003323615; 6602154166; 57200678942
Enterococci are one of the major agents of community-acquired and nosocomial infections. In this study we aimed to analyze the clonal relation of the vancomycin-resistant Enterococci outbreak seen at the Neonate Intensive Care Unit (NICU) of Uludag University Hospital. Vancomycin resistance gene was investigated in the Enterococcus faecium strains and pulsed field gel electrophoresis (PFGE) was used to investigate the genetic relation between outbreak strains. Enterococci grown in all patient samples were identified as Enterococcus faecium by BD Phoenix 100 (Becton Dickinson, USA). We found vanA resistance gene in all of the swab samples by Xpert VanA/B test on Cepheid (Cepheid, USA). PFGE band patterns revealed two different strains, of which the majority of them (22/24) had the same clonal origin. The common clonal origin was also isolated from rectal probes. Perianal swab culture positivity was evaluated as colonization but culture growth in two blood cultures, two urine cultures and one wound culture was evaluated as infection and treated with linezolid. All of the patients survived the outbreak. Besides the infection control precautions determining the genetic relation between outbreak strains which can be done in the microbiology laboratory is necessary to control an outbreak. PFGE is a reliable method in the microbiologic analysis of outbreaks. Molecular microbiologic analysis of outbreak strains will contribute to prove the epidemiologic and evolution of outbreaks.
Kandan izole edilen enterokok suşlarında linezolid ve daptomisin duyarlılığının tedavi seçeneğinde yer alan diğer antibiyotikler ile birlikte değerlendirilmesi
(Uludağ Üniversitesi, 2012-09-20) Cilo, Burcu Dalyan; Geçgel, Saliha Sanem; Kazak, Esra; Sınırtaş, Melda; Özakın, Cüneyt; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı.; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı.
Enterokoklar’da artan direnç tüm dünyada ciddi bir sorun olarak karşımıza çıkmaya başlarken, tedavide linezolid ve daptomisin gibi antibiyotikler kullanıma girmiştir. Çalışmamızda enterokok suşlarında ampisilin, moksifloksasin, gentamisin, vankomisin, teikoplanin, linezolid ve daptomisinin in-vitro etkinliklerini değerlendirmek amaçlanmıştır. Çalışmaya, kandan izole edilen 100 enterokok (57 E. faecalis, 40 E. faecium, 1’er E. hirae, E. avium, E.raffinosus) suşu dahil edildi. Linezolid ve daptomisin duyarlılığı E-test yöntemi ile diğer antibiyotikler ise Phoenix otomatize test sistemi ile değerlendirildi. Çalışmamızda E. faecalis suşlarının %100’ü, E. faecium suşlarının ise %8’i ampisiline duyarlı bulundu. İzolatların %51’inde yüksek düzey gentamisin direnci, %60’ında yüksek düzey streptomisin direnci saptandı. Bir E. faecium izolatında vankomisin direnci saptandı. Suşların %91’i linezolide duyarlı, %1’i dirençli olarak belirlendi. İzolatların tamamının daptomisine duyarlı olduğu saptandı. Linezolid ve daptomisinin enterokok enfeksiyonlarının tedavisinde etkin ve güvenilir birer seçenek olduğu ancak vankomisine dirençli suşlarda nadir de olsa linezolid direncine rastlanabileceği unutulmamalıdır.
Keçilerde deneysel oluşturulan septik artritisin farklı dönemlerinde, artroskopik tanı ve sağaltımında artroskopik lavaj ve intraartiküler antibiyotik uygulanmasının karşılaştırılması
(Kafkas Üniversitesi, 2010) Görgül, Osman Sacit; Salcı, Hakan; Özakın, Cüneyt; Cilo, Burcu Dalyan; Seyrek, Deniz İntaş; Çelimli, Nureddin; Çeçen, Göksen; Uludağ Üniversitesi/Veterinerlik Fakültesi/Klinik Bilimler Bölümü.; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı.; 0000-0001-5428-3630; 0000-0001-8537-0761; AAG-8392-2021; AAK-9543-2020; T-4623-2019; 6507730974; 8680329000; 57200678942; 36620979500; 6506990178; 8680328800; 16041418200
Bu çalışmanın amacı keçilerde, deneysel oluşturulan septik artritisin (SA) farklı dönemlerinde klinik, radyolojik, ultrasonografik, artroskopik, mikrobiyolojik ve biyokimyasal bulguların değerlendirilmesi ve sağaltımda artroskopik lavaj (AL) sonrası parenteral (PR) ya da intraartiküler (İA) antibiyotik uygulanmasının etkinliğinin karşılaştırılmasıdır. Saanen ırkı, 12 adet keçinin karpal eklemlerine dönüşümlü olarak (önce sol, daha sonra sağ eklemlerine) 4 x 104 hücre/ml “Staphylococcus aureus” solüsyonu 3 ml enjekte edildi. SA gelişimi, dört ana grup altında ve her ana grupta yer alan 3 keçinin, sol ve sağ karpal eklemlerinde ayrı ayrı değerlendirildi. Bu ana gruplarda klinik, radyolojik, ultrasonografik ve artroskopik tanı ile sinovyal sıvının, mikrobiyolojik ve biyokimyasal analizleri yapıldı. Sağaltım tekniği yönünden ana grupları oluşturan üçer keçinin, sol (Gr.A) ve sağ (Gr.B) karpal eklemleri iki alt guruba ayrıldı. Gr.A’da (3 sol karpal eklem) AL sonrası 6 gün boyunca seftriakson sodyum i.m. uygulandı. SA gelişimiyle birlikte sağaltım sürecinin değerlendirilmesi, 3 aylık süreçte; ilk ay içinde birer hafta arayla, diğer aylarda 15’er gün aralarla eklemlerin klinik, radyolojik ve ultrasonografik muayeneleri ile mikrobiyolojik ve biyokimyasal analizler ile gerçekleştirildi. Gr.B’de (n=3 sağ karpal eklem) ise Gr.A’da uygulanan girişimler ve değerlendirmelerin sonuçlanması sonrasında SA oluşturuldu. AL yapılmasını takiben sadece bir kez İA seftriakson sodyum verildi. Alt grupların ilk muayenelerinde SA bulguları saptandı. Artroskopik muayenede purulent sinovyal sıvı, sinovyal membranın hiperemi ve hiperplazisi, fibrin oluşumları, kıkırdak defektleri gibi bulgular saptandı. Mikrobiyolojik olarak sadece GR1 ve GR2’de ilk kontrol günlerinde etken identifiye edildi. Biyokimyasal analizlerde sinovyal sıvının, total protein ve globülin düzeylerinin artmış olduğu saptandı. Sonuç olarak, SA deneysel oluşturulması sonrasında artroskopinin tanıdaki etkinliği, sinovyal sıvı biyokimyası ve mikrobiyolojik analizlerin tanı ve takipte yararlılığı yadsınamaz. Sağaltımda kullanılan AL sonrası PR ve İA olarak antibiyotik uygulanmasının elde edilen bulgular dikkate alındığında birbirine üstünlüğü olmadığı vurgulanabilir.
Molecular subtyping of vancomycin resistant enterococcus: A comparison of two molecular methods
(Corbone Editore, 2016-09-02) Karakeçili, Faruk; Karagöz, Alper; Jefferies, Meryem; Çıkman, Aytekin; Cilo, Burcu Dalyan; Özakın, Cüneyt; Akalın, Halis; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı.; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı.; 0000-0001-5428-3630; AAU-8952-2020; IVV-5845-2023; AAG-8392-2021; 56364338600; 57207553671; 57200678942
Introduction: Arbitrarily Primed-Polymerase Chain Reaction (AP-PCR) and Pulsed-Field Gel Electrophoresis (PFGE) are widely used genotyping methods for investigating outbreaks of infections. The aim of this research is to compare AP-PCR with PFGE, which is known as the gold standard method, and to determine if AP-PCR is suitable for use in outbreaks.Materials and methods: Between 2001 and 2009, 664 isolated vancomycin resistant enterococcus (VRE) strains were determined at the Bacteriology Laboratory, Department of Medical Microbiology. During nine years study 5 peak periods were identified. In each peak period of 3 months, 83 VRE strains were selected from the 664 for this research. For all isolates a comparison of AP-PCR and PFGE using 83 VRE strains was performed.Results: Enterococcus faecium was found to be the dominant species in all VRE isolated from hospitalized patients. 83 strains of E. faecium were included in the study, which were isolated from 5 different possible epidemic periods over 9 years. 15 different clonal strains were collected using the AP-PCR method and 11 using PFGE.Conclusion: AP-PCR was found to be repeatable and had a better separation power than PFGE. FPGE though is a simpler, cheaper and faster method and can be used for VRE epidemics as an alternative method. In future epidemiological outbreaks the comparative molecular methods are more reliable than a single method.
Multilocus microsatellite analysis of European and African Candida glabrata isolates
(Springer, 2016-02-15) Chillemi, Valeria; Lo Passo, Carla; Van Diepeningen, Anne D.; Rharmitt, Sanae; Delfino, Demetrio; Cascio, Antonio; Nnadi, Nnaemeka Emmanuel; Sampaio, Paula; Tietz, Hans-Juergen; Peman, Javier; Criseo, Giuseppe; Romeo, Orazio; Scordino, Fabio; Cilo, Burcu Dalyan; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı.; 56364338600
This study aimed to elucidate the genetic relatedness and epidemiology of 127 clinical and environmental Candida glabrata isolates from Europe and Africa using multilocus microsatellite analysis. Each isolate was first identified using phenotypic and molecular methods and subsequently, six unlinked microsatellite loci were analyzed using automated fluorescent genotyping. Genetic relationships were estimated using the minimum-spanning tree (MStree) method. Microsatellite analyses revealed the existence of 47 different genotypes. The fungal population showed an irregular distribution owing to the over-representation of genetically different infectious haplotypes. The most common genotype was MG-9, which was frequently found in both European and African isolates. In conclusion, the data reported here emphasize the role of specific C. glabrata genotypes in human infections for at least some decades and highlight the widespread distribution of some isolates, which seem to be more able to cause disease than others.
Salmonella serotiplerinin konvansiyonel ve moleküler yöntemler ile belirlenmesi
(Ankara Mikrobiyoloji Derneği, 2013-10) Karakeçili, Faruk; Güleşen, Revasiye; Levent, Belkis; Cilo, Burcu Dalyan; Özakın, Cüneyt; Gedikoğlu, Suna; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Mikrobiyoloji Anabilim Dalı.; 0000-0001-5428-3630; AAG-8392-2021; 36620979500; 57200678942; 55966592900
Salmonella enterica serotiplerinin belirlenmesi epidemiyolojik çalışmalar açısından önem taşımaktadır. Salmonella serotipleri, hücre duvarında yer alan somatik (O) ve flajel (H) antijenleri temel alınarak belirlenir. Bu çalışmanın amacı multipleks polimeraz zincir reaksiyonu (mPCR) yöntemi ile belirlenen moleküler serotiplendirme sonuçlarının konvansiyonel serotiplendirme sonuçları ile karşılaştırılmasıdır. Konvansiyonel serotiplendirme Ulusal Enterik Patojenler Laboratuvar Sürveyans Ağı (UEPLA) kapsamında Sağlık Bakanlığı Refik Saydam Hıfzıssıhha Merkezi Başkanlığı'nda yapılmıştır. Referans laboratuvarı tarafından 14 farklı serotipte tanımlanmış toplam 100 Salmonella suşu, Salmonella serogrupları (A, B, C1, D, E) ve Vi antijen gen bölgelerine özgü primerler kullanılarak mPCR yöntemi ile moleküler olarak serogruplandırılmıştır. H antijenleri (H: a, -b, -d, -g,m, -i, -r, -z10) ve iki antijen kompleksinde yer alan (H: 1,2, -1,5, -1,6, - 1,7 ve H: enx, enz15) antijenleri kodlayan fliC ve fliB genlerine yönelik ardışık dört mPCR yöntemi uygulanarak serotipler belirlenmiştir. Multipleks PCR sonuçları, konvansiyonel yöntem ile belirlenen serogruplar ile %100 uyum göstermiş; serogruplara yönelik mPCR’nin duyarlılık ve özgüllüğü %100 olarak bulunmuştur. Moleküler yöntemle elde edilen antijenik formüle göre belirlenen serotiplendirmede; 2 (%2) izolatta kesin sonuç, 91 (%91) izolatta muhtemel sonuç, 7 (%7) izolatta ise tamamlanamayan formül elde edilmiştir. Klinik mikrobiyoloji laboratuvarlarında en sık izole edilen Salmonella serotipleri olan S.Enteritidis, S.Typhimurium ve S.Paratyphi için moleküler serotiplendirme sonuçları muhtemel sonuç olarak de ğerlendiriliştir. Bu serotipler için mPCR ile elde edilen antijenik formüle göre belirlenen muhtemel sonuçlar epidemiyolojik veriler göz önünde bulundurularak yorumlandığında elde edilen sonuçların konvansiyonel serotiplendirme sonuçları ile uyumlu olduğu gözlenmiştir. Moleküler yöntem ile kesin sonuç elde edilen S.Typhi’nin serogruplandırma ve serotiplendirilmesi açısından mPCR’nin duyarlılığı %100 olarak bulunmuştur. Multipleks PCR klinik laboratuvarlarda izole edilen suşların tanımlanmasında konvansiyonel serotiplendirmeye göre daha ucuz ve daha hızlı bir yöntem olarak değerlendirilmektedir. Moleküler tiplendirme ile bütün serotiplerin kesin olarak belirlenmesi mümkün olmadığından, bugün için moleküler tiplendirme konvansiyonel serotiplendirmenin alternatifi değildir. Ancak konvansiyonel serotiplendirme sonuçları alınıncaya kadar veri sunması bakımından yararlı görünmektedir.
Salmonella serotiplerinin konvansiyonel ve moleküler yöntemler ile belirlenmesi
(Bursa Uludağ Üniversitesi, 2011) Cilo, Burcu Dalyan; Özakın, Cüneyt; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı.
Salmonella enterica serotiplerinin belirlenmesi epidemiyolojik çalışmalar açısından önem taşır. Salmonella serotipleri hücre duvarında yer alan somatik (O) antijeni ve flagellar (H) antijeni temel alınarak belirlenir. Bu çalışmanın amacı multipleks PCR yöntemi ile belirlenen moleküler serotiplendirme sonuçlarının konvansiyonel serotiplendirme sonuçları ile karşılaştırılmasıdır.Referans laboratuvarı tarafından 14 farklı serotipte tanımlanmış toplam 100 Salmonella suşu, Salmonella serogrupları (A, B, C1, D ve E) ve Vi antijen gen bölgelerine özgü primerler kullanılarak multipleks PCR yöntemi ile moleküler olarak serogruplandırıldı. H antijenleri (H: a, -b, -d, -g,m, -i, -r, -z10) ve iki antijen kompleksinde yer alan (H:1,2, -1,5, -1,6, -1,7 and H: enx, enz15) antijenlerini kodlayan fliC ve fliB genlerine yönelik ardışık dört multipleks PCR yöntemi uygulanarak serotipler belirlendi.Konvansiyonel serotiplendirme Ulusal Enterik Patojenler Laboratuvar Sürveyans Ağı (UEPLA) kapsamında Sağlık Bakanlığı Refik Saydam Hıfzısıhha Merkezinde yapıldı.Multipleks PCR sonuçları konvansiyonel yöntemle belirlenen serogruplarla %100 uyum gösterdi. Serogruplara yönelik multipleks PCR'ın duyarlılık ve özgüllüğü %100 olarak bulundu.Klinik mikrobiyoloji laboratuvarlarında en sık izole edilen Salmonella serotipleri olan S. Enteritidis, S. Typhimurium, S. Paratyphi multipleks PCR ile başarılı bir şekilde serotiplendirildi. Bu serotipler için multipleks PCR sonuçları konvansiyonel serotiplendirme sonuçları ile uyumlu bulundu. Multipleks PCR'ın S. Typhi'nin serogruplandırma ve serotiplendirme açısından duyarlılığı %100 olarak bulundu. Multipleks PCR klinik laboratuvarlarda izole edilen suşların tanımlanmasında konvansiyonel serotiplendirmeye göre daha ucuz ve daha hızlı bir yöntem olarak değerlendirilmektedir. Bununla birlikte moleküler tiplendirme metodunun konvansiyonel serotiplendirme ile birlikte kullanılması uygun olacaktır.