Welcome to the Uludag University Academic Repository!
Bursa Uludağ University aims to contribute to the advancement of science and technology by adopting clear, repeatable and reliable research outputs and applications; is committed to the broad dissemination of knowledge for the benefit of society and all external stakeholders.
BUU Open Access System offers scientific and artistic products such as books, articles, theses, encyclopedias and works of art produced by our faculty members and students in accordance with international standards and intellectual property rights.
Bursa Uludağ University is a leading institution using DSpace.
Recent Submissions
İnfluenza ve RSV test sonuçlarının BioFire solunum yolu etkenleri Multiplex PZR testi (22 etken) ve BD Max Respiratory Viral Panel (Solunum Paneli 3’lü) kitleri ile karşılaştırılması: Retrospektif bir çalışma
(Bursa Uludağ Üniversitesi, 2025-06-03) Sevil, İdil; Ağca, Harun; Sağlık Bilimleri Enstitüsü; Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı; 0009-0003-7565-0438
Respiratuvar Sinsisyal Virüs (RSV), zarflı, tek sarmallı negatif RNA virüsüdür ve çocuklarda en sık görülen akut alt solunum yolu enfeksiyonlarına neden olur. A ve B tipi olmak üzere iki tipi bulunur, damlacık yoluyla bulaşır. Enfeksiyon belirtileri arasında burun akıntısı, öksürük, ateş, hışıltı ve nefes darlığı yer alır. Pnömoni, bronşiyolit gibi ciddi komplikasyonlara yol açabilir. Özellikle prematüre bebekler, kronik hastalığı olanlar ve bağışıklığı zayıf kişiler risk altındadır. Korunmada palivizumab adlı monoklonal antikor kullanılır. İnfluenza (Grip) ise Orthomyxoviridae ailesinden, negatif yönlü RNA virüsüdür. A, B, C ve D türleri vardır; en yaygın olanı İnfluenza A’dır. İnsanlara ve hayvanlara bulaşabilir. Damlacık yoluyla kolayca yayılır ve yüksek bulaşıcılığa sahiptir. Bu çalışmada, Bursa Uludağ Üniversitesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) laboratuvarına gönderilen nazofaringeal sürüntü örneklerinde RSV, İnfluenza A ve B’nin BioFire Solunum Yolu Etkenleri Multiplex PZR Testi ve BD Max Respiratory Viral Panel kitleri ile karşılaştırılması amaçlanmıştır. Ayrıca bu etkenlerin moleküler alt tiplendirilmesi, mevsimsel dağılımları ve yaş ile cinsiyet ilişkileri değerlendirilmiştir. Çalışma kapsamında, 0-86 yaş aralığındaki 200 hasta örneği analiz edilmiştir. BioFire testi ile RSV, İnfluenza A/B pozitifliği veya negatifliği saptanan örnekler, BD Max Respiratory Viral Panel ile tekrar değerlendirilmiştir. Sonuçlar karşılaştırılarak test yöntemlerinin etkinliği analiz edilmiştir.
Bursa bölgesinde subklinik ve klinik mastitisli sığırlarda Staphylococcus türlerinin antibiyotik direnç profillerinin fenotipik ve bazı moleküler yöntemlerle belirlenmesi
(Bursa Uludağ Üniversitesi, 2025-05-22) Beker, Selda; Demirbilek, Serpil Kahya; Sağlık Bilimleri Enstitüsü; Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı; 0000-0002-3591-1643
Bu çalışma, sütçü sığırlarda subklinik ve klinik mastitise sebep olarak önemli kayıplara yol açan Stafilokok türlerini izole ve identifiye etmek, Metisilin Dirençli Staphylococcus aureus (MRSA) varlığı ve oranını belirlemek, izole edilen Stafilokok türlerinin antibiyotik duyarlılıklarının ve bazı virülens genlerinin fenotipik ve genotipik yöntemlerle belirlenmesini sağlamak amacıyla yapılmıştır. Bu amaçla, farklı çiftliklerden toplanan 350 adet süt örneğinden tuz zenginleştirme kültürü yöntemiyle 204 Stafilokok izolatı elde edilmiş ve bunlar BD Phoenix™100 ve Matris destekli lazer desorpsiyon/ iyonizasyon uçuş zamanı kütle spektrometrisi (MALDI-TOF MS) cihazı ile de Staphylococcus spp. olarak tanımlanmıştır. MALDI-TOF MS ile izolatların 119'unun tür düzeyinde ve 85'inin cins düzeyinde doğru bir şekilde tanımlandığı belirlenmiştir. Tanımlanan izolatların %47,5’inin (97) klinik ve %52,4’ünün (107) subklinik mastitise sebep olduğu tespit edilmiştir. BD Phoenix™100, izolatların %100'ünü Staphylococcus aureus (S. aureus) (39/39) olarak tanımlarken buna karşılık, MALDI-TOF MS, izolatların %94,8'ini S. aureus olarak tanımlamıştır (37/39). S. aureus izolatlarının spa %83,7 (31/37) ve nuc %86,4 (32/37) genlerini taşıyıp taşımadıkları PCR ile doğrulanmıştır. Yine PCR yöntemini kullanarak beta-laktam antibiyotik direncine (beta-laktamaz-penisilinaz) sebep olan genler, mecA %0,9 (2/204) ve blaZ %17,6 (36/204) başarıyla tespit edilmiş ancak izolatların hiçbirinde mecC ve Panton-Valentine Lökosidin (PVL) genlerine rastlanmamıştır. İzolatlar en yüksek direnci %53,9 ile ampisilin ve %52,4 ile penisiline gösterirken, toplam %18,6 (38/204) izolat çoklu ilaca dirençli (Multi-drug Resistance (MDR)) olarak sınıflandırılmıştır. MALDI-TOF-MS'den elde edilen sonuçlar, istatistiksel analizle doğrulandığı üzere, BD Phoenix™100'den elde edilen bulgularla %41,7'lik bir uyum oranı göstermiştir (p <0.001). Bu uyum düzeyi, iki yöntem arasında önemli oranda bir farklılık olduğunu göstermektedir.
Saanen ırkı keçilerde, POU1F1 gen yolağında bulunan genlere ait polimorfizmlerin büyüme ve üreme özellikleri ile ilişkisinin belirlenmesi
(Bursa Uludağ Üniversitesi, 2025-06-23) Şentürk, Nursen; Ardıçlı, Sena; Sağlık Bilimleri Enstitüsü; Veterinerlik Genetiği Ana Bilim Dalı; 0000-0003-1975-0103
Keçi yetiştiriciliği; süt, et, deri ve kıl üretimi gibi verim özellikleri için tercih edilmektedir ancak geleneksel ıslah yöntemleri kullanılarak bu özelliklerin iyileştirilmesinde büyük bir genetik ilerleme elde etmek oldukça zordur. Büyüme ve üreme özellikleri; üretimdeki karlılığın yanı sıra, sürdürülebilir keçi yetiştirme programlarında ve keçi genetiğinde önemli ekonomik etkileri olan fonksiyonel özelliklerdir. Ancak büyüme ve üreme özellikleri; genetik varyasyonların ilişkisini çözmek için çok önemli olan birden fazla genin kontrolü altındadır. Bu nedenle; bu tez çalışmasında, Saanen ırkı dişi keçilerde PITX1 (c.490G>A), PITX2 (g.18353T>C), LHX3 (g.8035T>C), PROP1 (c.236C>T) ve POU1F1 (c.837T>C ile c.771+215C>T) polimorfizmlerinin frekanslarının belirlenmesi ve bu polimorfizmlerin büyüme ve üreme özellikleriyle ilişkisinin ortaya konması amaçlanmıştır. Çalışmada, toplam 150 baş Saanen keçisi genotiplendirilmiştir. Doğum ağırlığı, bir batındaki yavru sayısı, günlük canlı ağırlık artışı, toplam canlı ağırlık artışı, ilk damızlıkta kullanım ağırlığı, vücut uzunluğu, göğüs çevresi, sağrı genişliği, sağrı yüksekliği, cidago yüksekliği, baş uzunluğu, kulak uzunluğu ve alın genişliği olmak üzere büyüme ve üreme özellikleriyle ilişkisi incelenmiştir. LHX3 (g.8035T>C) polimorfizminin bir batındaki yavru sayısı ile ilişkili olduğu (P<0,05), PITX1 (c.490G>A) polimorfizminin doğum ağırlığına etkili olma eğiliminde olduğu saptanmıştır (P<0,1). Elde edilen sonuçlar, ilk defa bu tez çalışmasında saptanmıştır. Bu çalışmada etkileri belirlenen polimorfizmlerin keçi yetiştiriciliğinde büyüme ve üreme özelliklerinin geliştirilmesi için kullanılabileceği sonucuna varılmıştır ancak ilgili sonuçların daha geniş popülasyonlarda tekrar edilmesi, tez çalışması sonuçlarının güvenilirliği için oldukça önemlidir.
Et tipi tavuklarda enfeksiyöz bronşitis virus genotiplerinin belirlenmesi ve IBV-Aşı antikor düzeylerinin değerlendirilmesi
(Bursa Uludağ Üniversitesi, 2025-05-05) Kanar, Tuğçe Serim; Carlı, K. Tayfun; Sağlık Bilimleri Enstitüsü; Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı; 0000-0002-1615-8529
Bu çalışmada, Türkiye’nin önemli kanatlı üretim merkezleri olan Balıkesir, Çanakkale, Bursa ve Manisa illerinde 393 broyler (Ross 308) çiftliğinden alınan örneklerden elde edilen Avian Coronavirus (ACoV) genotipleri moleküler düzeyde belirlenmiş ve bu genotiplere karşı kullanılan farklı canlı IBV aşı suşlarının etkinlikleri değerlendirilmiştir. Bu çiftliklerden alınan 7860 adet serum örneğinde ELISA yöntemi ile antikor titreleri ölçülmüş, çeşitli titre düzeylerinde aşılama sonrası oluşan koruyuculuk oranları analiz edilmiştir. Elde edilen verilere göre, IS VAR2 suşu en yüksek koruma profili göstermiş, özellikle GI-23 genotipine karşı düşük (%5,5) viral sirkülasyon ile yüksek derecede koruma sağlamıştır. H120-IS VAR2 aşı kombinasyonunda ise GI-23 varyantının %57,9 oranında tespit edilmesi, bu kombinasyonun söz konusu varyanta karşı yetersiz çapraz koruma sunduğunu göstermiştir. Benzer şekilde, 1/96-Massachusetts B48 kombinasyonu GI-23 genotipine karşı sınırlı etkinlik göstermiş (%64,7 viral sirkülasyon), CR8812-IS VAR2 kombinasyonu ise geniş spektrumlu koruma potansiyeli ortaya koymuş ve GI-23 varyantına rastlanmamıştır. Buna karşın, CR8812-H120 ve sadece H120 uygulanan gruplarda düşük koruma oranları gözlenmiş; bu gruplarda GI-23 sırasıyla %100 ve %50 oranlarında tespit edilmiştir. Bu bulgular, mevcut aşı suşlarının sahadaki baskın varyantlara karşı yeterli koruma sağlamadığını ortaya koymaktadır. Çalışmada, 393 broyler çiftliğinden alınan örneklerin %90,58’i ACoV pozitif bulunmuş, en yüksek pozitiflik oranı Balıkesir’de saptanmıştır. Sanger sekanslama ile 2020-2024 yılları arasında GI-23 genotipinin sahada baskınlığını koruduğu belirlenmiştir. GI-13 genotipi zaman zaman rekabetçi üstünlük sağlamakla birlikte, GI-23 karşısında kalıcı baskınlık kuramamış; GI-1, GI-12 ve GI-3 genotipleri ise sınırlı sayıda tespit edilmiştir. Bölgesel dağılımda Balıkesir’de GI-23 baskınken, Bursa’da GI-13 daha yaygındır. Yıllar içindeki moleküler analizler, GI soylarında rekombinasyon ve mutasyonlarla genetik çeşitliliğin arttığını göstermiştir. GI-1, GI-13 ve GI-12 genotipleri <%96 genetik benzerlik oranları ile yüksek evrimsel değişim geçirmişken, GI-23 göreceli olarak daha stabil kalmış ancak önemli varyant çeşitliliği içermektedir. Sonuç olarak, ACoV Türkiye’de endemik bir patojen olup, saha koşullarındaki genetik çeşitlilik aşı etkinliğini doğrudan etkilemektedir. Özellikle <%96 benzerlikteki suşların varlığı, mevcut aşıların koruyuculuğunu olumsuz etkileyebilir. Bu nedenle, aşı stratejilerinin baskın ve yeni varyantlara uyum sağlayacak şekilde dinamik olarak güncellenmesi zorunludur. Bu bağlamda, saha aşı suşlarının seçimi için Avian Coronavirus’un S1 gen bölgesine yönelik genotiplendirme işlemleri kritik önem taşımaktadır. S1 gen bölgesi analizleri, saha izolasyonları ile kullanılan aşı suşlarının protektotip yakınlığını belirlemede pratik ve önemli bir yöntemdir. Bu çalışma, Türkiye kanatlı sektöründe ACoV aşı tipleri ve aşılama stratejilerine yön verecek, literatürde yer almayan orijinal veriler sağlamayı hedeflemektedir.