Hayvan enfeksiyonlarının tanısında LightCycler PCR kullanımı

Abstract

LightCycler (LC) teknolojisi hızlı PCR gerçekleştirme işini PCR ürününün gerçek zamanlı gözlenmesiyle birlikte yapar. PCR sonrası hemen ürünün özgünlüğü erime eğrisi analizi ile belirlenebilir. LC sisteminin kapiller sistem oluşunun geleneksel PCR’a göre bazı avantajları vardır. Probların ve amplikonların erime eğrisi analizi jel elektroforezi, southern blotting, hibridizasyon veya dizileme gibi sonradan yapılan uygulamalara gerek kalmadan amplikonun özgünlüğü ve etkenin genotiplemesine olanak verir. Amplifikasyon sürecinde PCR ürünü artışının izlenmesi ve TaqMan probu gibi bazı prob dizaynlarının kullanımıyla kapiller içinde kantitatif bir PCR 15 ile 45 dk arasında biter. Günümüzde veteriner hekimliğinde infeksiyöz hastalıklar bu teknoloji ile teşhis edilebilmekte ve klinik örnekler içindeki virus veya bakterilerin miktarları uygun gerçek-zamanlı PCR kimyasal prob dizaynı yaklaşımı ile tayin edilebilmektedir. Bu derlemede LC sisteminin bazı önemli özellikleri tanımlanmakta ve bu sistemin bazı hayvan hastalıklarında kullanımı hakkında bilgi verilmektedir.

LightCycler (LC) technology combines rapid cycle-PCR with real-time fluorescent monitoring and melting curve analysis. Capillary PCR ability of LC system has several advantages over the conventional PCR. Melting curve analysis of probes and amplicons provides genotyping and specificity of the amplicon without further applications such as gel electrophoresis, southern blotting, hybridization and sequencing. By monitoring product accumulation and the use of some probe design such as TaqMan probes during rapid amplification, quantitative PCR in capillary system is possible in 15 to 40 minutes. Infectious diseases in veterinary medicine can now be diagnosed by this technology and quantitative detection of viruses and bacteria from the clinical samples by an appropriate Real-Time PCR chemistry approach is currently possible. This review describes some important characteristics of the LC PCR systems and gives some information on the use of this system in some animal infections.